至于系统方面，HTC One M9和HTC One M9+都搭载了最新的Android 5.0操作系统，同时还融入了为中国用户打造的HTC China Sense，界面风格延续了HTC Sense的传统设计，让人倍感亲切，同时还加入了不少新功能，以及更多的可定制化选项，再度提升了手机的用户体验。

　
“Sense首页”小插件（注：基于位置信息，自动变化）

　　与以往的Sense版本不同，两款手机都加入了独特的“Sense首页”小插件（注：需要联网+定位）。它包含工作、外出以及家庭等多个标签，而每个标签下面则预置了多个相关应用，比如工作标签下预置了邮件、日历等。当用户为该插件设置位置信息之后，它会随着用户所在位置的不同（比如公司、家里以及户外），而自动展现相应的标签内容，颇为人性化。

　
支持导航栏按钮自定义

　　同时，对于不少用户吐槽的HTC手机“下巴”问题，HTC One M9和HTC One M9+均有了一定程度的改善，用户可以将首页导航栏隐藏，进而可以有效提升屏幕视野。值得一提的是，它们还允许用户对首页导航栏进行定制，比如更改按钮的排列顺序，或是更改“返回”、“首页”和“最近使用的应用程序”之外的第四个导航按钮功能，进而以满足不同用户的使用习惯。

　
小hi智能语音助手和任务管理器界面

　　另外，两款手机同样拥有大家熟悉的HTC缤纷聚合界面、小hi智能语音助手、随身影院等众多特色功能和应用，而且还引入了“HTC账户”，用户登陆HTC账户之后，可下载众多手机个性化元素，比如主题、字体、壁纸以及铃声等，进一步满足用户的个性化需求。

　
HTC One M9+指纹识别设置界面

　　当然，由于HTC One M9+加入了指纹识别器，因而其软件层面上则加入了“指纹识别器”设置选项，关于这一点HTC One M9是没有的。就实际体验来说，经过常规的指纹录入设置之后，用户轻轻触控HTC One M9+屏幕下方的指纹识别器即可实现指纹解锁功能，而且支持“黑屏解锁”，相对于HTC One M9来说，HTC One M9+可以为用户带来更加方便、安全的体验。